Program Pascasarjana Magister Studi Islam Universitas Muhammadiyah Yogyakarta yang didirikan dalam konteks pengembangan studi Islam di lingkungan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta ini didesain dengan visi, misi dan tujuan yang jelas.
Visi Program Pascasarjana Magister Studi Islam Universitas Muhammadiyah Yogyakarta adalah memposisikan diri sebagai program pendidikan Pascasarjana yang memberikan pelayanan optimal dalam pengkajian Islam dengan keunggulan penguasaan substansi, metodologi, dan bahasa.
Misi Program Pascasarjana Magister Studi Islam Universitas Muhammadiyah Yogyakarta adalah mengembangkan studi Islam yang berwawasan kewahyuan dan sosial kemanusiaan.
Tujuan Program Pascasarjana Magister Studi Islam Universitas Muhammadiyah Yogyakarta adalah menghasilkan pakar-pakar studi Islam yang memiliki kompetensi substantif, metodologis, dan kebahasaan yang berorientasi pada pemecahan persoalan-persoalan kemasyarakatan masa kini dan mendatang.
