Program Pascasarjana Magister Studi Islam Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (PPs-MSI UMY) merupakan Program Pendidikan Pascasarjana bidang studi Islam. Program ini didirikan berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama RI Nomor E/241/2001 untuk memenuhi kebutuhan pengembangan studi Islam dan masyarakat. Dua orientasi, akademik dan sosial, yang dikemas dalam suatu paket pendidikan untuk menghasilkan sarjana jenjang S.2 dengan gelar Magister Agama Islam (M.A.), memiliki keahlian dalam bidang ilmu-ilmu keislaman, baik yang bermatra kewahyuan maupun sosial kemanusiaan.
Keunggulan Program ini adalah penguasaan substansi, metodologi dan bahasa dalam nuansa “paradigmatik” sehingga desain program pendidikannya diasumsikan mampu menciptakan lulusan yang handal di bidang kajian keislaman. Hal ini sesungguhnya juga merupakan upaya penegasan kembali Universitas Muhammadiyah Yogyakarta sebagai A Leading and Enlightening University yang menaruh komitmen keislaman dan kebangsaan.
