Program Pascasarjana Magister Studi Islam Universitas Muhammadiyah Yogyakarta memiliki gedung perkuliahan yang cukup representatif, didukung dengan sejumlah sarana dan prasarana yang memadai, yang terdiri dari :
1. Gedung perkuliahan yang kondusif untuk belajar.
2. Ruang kuliah ber-AC dengan sejumlah peralatan/perlengkapan multi media.
3. Ruang perpustakaan dengan buku-buku referensi, majalah, jurnal dan compact disc.
4. Laboratorium komputer dengan sistem LAN, connected with internet.
5. Laboratorium bahasa.
6. Fotokopi, warnet, kantin, tempat ibadah, dll.